Tranh chấp nội bộ triều đình Cao Ly về việc nghị hòa với quân Mông Cổ vẫn tiếp diễn mãi đến năm 1270.

Từ thời Thôi Trung Hiến (Choe Chung-heon, 최충헌, 崔忠獻), Cao Ly đã bị áp đặt một thể chế độc tài quân sự, do quân đội riêng của gia tộc họ Thôi hùng mạnh thống trị. Một số các tướng lĩnh quân đội này đã lãnh đạo Cuộc khởi nghĩa Tam Biệt Sao (1270-1273) (Sambyeolcho, 삼별초, 三別抄) chống lại triều đình trên các hòn đảo ngoài khơi bờ biển phía nam bán đảo Triều Tiên.

Bắt đầu từ thời vua Nguyên Tông, trong gần 80 năm, Cao Ly là một nước đồng minh bị bắt buộc của nhà Nguyên - Mông Cổ. Mông Cổ và Cao Ly ràng buộc nhau bằng hôn nhân giữa các hoàng tử Mông Cổ với các công chúa Cao Ly và các hoàng tử Cao Ly với các công chúa Mông Cổ. Điển hình là Ki Hoàng Hậu (奇皇后 hay Hoàn Giả Hốt Đô - 完者忽都, tiếng Triều Tiên: 기황후), nguyên là một vị công chúa Cao Ly, đã trở thành Hoàng hậu nhà Nguyên sau hôn lễ với Hoàng đế Nguyên Huệ Tông (Nguyên Thuận Đế) và con trai của bà sau này là Hoàng đế Chiêu Tông của nhà Bắc Nguyên - Mông Cổ. Vua Trung Liệt Vương của Cao Ly cưới một vị công chúa con của Khả Hãn Hốt Tất Liệt... Các cuộc hôn nhân giữa nhà Nguyên và Cao Ly kéo dài trong suốt 80 năm.

Các viên chức giám trị người Mông Cổ (được gọi là darughachi, đạt lỗ hoa xích - 达鲁花赤, còn gọi là quan Chưởng Ấn[10]) tại triều đình Cao Ly cũng được các ông vua trung thành và tử tế của Cao Ly chu cấp đầy đủ. Một phần của đảo Tế Châu (Cheju, 제주, 濟州) được chuyển đổi thành vùng thả ngựa ăn cỏ cho kỵ binh Mông Cổ đóng quân ở đây[11]. Cho đến tận ngày nay, vẫn còn nhiều từ ngữ có nguồn gốc từ tiếng Mông Cổ còn được dùng ở đảo Tế Châu như màu sắc của ngựa, agibato - tiểu anh hùng và songgol - chim ưng[12]. Triều đình Cao Ly tồn tại dưới sự chi phối của Nhà Nguyên - Mông Cổ cho đến khi Cung Mẫn Vương (Gongmin wang, 공민왕, 恭愍王) buộc các đơn vị đồn trú của quân Mông Cổ rút về nước bắt đầu vào những năm 1350.